Основными источниками болезни являются инфицированная почва, растительные остатки, клубни, несущие латентную инфекцию, сорняки, преимущественно из семейства пасленовых, а также ризосфера культурных и диких растений. В отличие от большинства фитопатогенных бактерий возбудитель бурой гнили является типичным почвенным обитателем и широко представлен в различных целинных и окультуренных почвах. При этом следует учитывать, что хотя обе 1 и 3 расы патогенны для картофеля, они различаются как по кругу растений-хозяев, так и географическому распространению. Раса 1 доминирует в тропических и субтропических зонах и имеет широкий круг растений-хозяев. В связи с этим штаммы этой расы могут длительно выживать в природных условиях. Популяция этой расы в естественно загрязненной почве после чередования разных культур в течение ряда лет может сохраняться на одном и том же уровне. Снижение числа клеток этого возбудителя наблюдается лишь на участках, где применяют гербициды. Кроме того, представители этой расы могут выживать в почве в отсутствии растения-хозяина в течении 2 лет, а также поселяться на дикорастущих растениях или в их ризосфере.

Раса 3, биохимический тип 2, распространена в регионах умеренного климата. Она выживает в растительных остатках и семенном картофеле в латентном состоянии. Штаммы этой расы также выживают в почве, но пока мало известно об оптимальных условиях их выживания. Грехем и Ллойд выдвинули концепцию о сохранении этой бактерии в специальных почвенных нишах. Японский исследователь Окабе обнаружил эту бактерию на глубине 80-100 см (Okabe, 1971). Дополнительными хозяевами этой расы являются дикорастущие сорняки из семейства пасленовых: Solanum cinereum, S. nigrum, S. dulcamara. Бактерия длительное время может выживать в семенном картофеле. Инфекция может распространяться и через поливные воды, что послужило причиной заражения картофеля в Швеции. Возбудитель распространяется ветром, дождем, насекомыми и нематодами.