Основные болезни ярового рапса в условиях Беларуси – склеротиниоз, или белая гниль, и альтернариоз, или черная пятнистость. Наиболее  опасная болезнь - альтернариоз. Опасность поражения больше, чем у озимого рапса. Болезнь начинает распространяться после окончания цветения. Пораженные стручки чернеют, ускоряется их созревание, при сильном ветре они растрескиваются.

Профилактические меры против этих болезней - строгое соблюдение севооборота (возврат рапса, включая другие крестоцветные и свеклу на прежнее поле через 3-4 года), сохранение доли крестоцветных, зернобобовых и свеклы в севообороте не более 25 процентов, формирование хорошо проветриваемых неполегающих посевов.

По мере необходимости против возбудителей этих болезней целесообразно применение следующих фунгицидов в фазу полного цветения:  Дерозал, 50% с.п. (1кг/га), Ровраль, 50% с.п. (1,5 кг/га), Сумилекс, 50% с.п. (1 кг/га), Фоликур , 25% к.э. (1 л/га)