Для оптимального роста и развития растений наряду с главными элементами питания необходимы микроэлементы. Правда, нужны они растениям только в небольших количествах.

Основные элементы питания и микроэлементы выполняют различные функции. Основные элементы питания являются материалом для построения растительного вещества, как например, азот и сера в аминокислотах и белках, фосфор и кальций в фитине или магний в хлорофилле. С другой стороны, микроэлементы участвуют в качестве катализаторов в ферментативных реакциях.

Жизненно необходимыми являются микроэлементы Бор (В), Марганец (Mn), Цинк(Zn), Медь (Cu), Молибден (Mo), Железо (Fe) и Хлор (Cl).

Явный вред на растениях рапса проявляется благодаря различным симптомам, которые отличаются острым  дефицитом микроэлементов. Так, например, светлая окраска листьев (хлороз) проявляется при дефиците магния и цинка, отмирания плодовой оси при дефиците меди, деформация стеблей при дефиците бора, деформация листьев при дефиците молибдена.

По мнению доктора Эвальда Шнуга (Институт питания растений и почвоведения, Германия) у рапса наиболее часто распространен скрытый дефицит микроэлементов, который проявляется без видимых симптомов, но уровень урожая ограничен. Скрытый дефицит обнаруживают путем проведения почвенных и растительных анализов. Почвенные обследования особенно хорошо подходят для оценки обеспеченности бором, медью, цинком и молибденом. Для оценки обеспеченности магнием лучше подходит метод растительных анализов и почвенных исследований.

Важнейшим влиятельным факторам для доступности микроэлементов является кислотность почвы. Высокое значение рН является барьером для поступления в растения магния, цинка и частично бора. В противоположность этому усвоение молибдена и меди не сильно зависят от кислотности почвы. При удобрении магнием и цинком следует принимать во внимание эту зависимость.

На почвах с высоким значением уровня рН, внесение в почву микроэлементов не эффективно. На таких почвах в фазу бутонизации рапса применяют некорневую подкормку марганцем и цинком. Чтобы избежать  повреждений растений рапса, следует некорневое удобрение вносить в утренние часы или в послеобеденное время. Возможность высокого эффекта можно ожидать только в случае, если в течение 12 часов не выпадут атмосферные осадки. Благоприятствуют усвоению питательных веществ через листья роса и высокая влажность воздуха.

Лучшей обеспеченности растений рапса из почвы марганцем, цинком и бором способствуют подкисляющие почву азотные удобрения, например, сульфат аммония. Положительно сказывается, содержащее серу это удобрение, на росте растений рапса.

Обеспеченность медью является эффективной при внесении в почву около 5 кг/га меди. Зерном рапса выносится незначительное количество меди и незначительное количество закрепляется в почве (за исключением почв с высоким содержанием гумуса).

Бор имеет очень важное значение для урожайности  рапса. В противоположность зерновым культурам потребность рапса в боре выше в десятикратном размере. Кроме того, бор легче, чем другие микроэлементы выносится из почвы, на легких почвах больше, чем на тяжелых. Дефицит бора приводит к снижению среднего количества стручков на 1 растении и количества семян в стручке.

Внесение борного удобрения в почву при интенсивном возделывании рапса приводит к хорошим результатам, но может вызвать в последующем снижение урожайности у зерновых культур. Поэтому необходим регулярный контроль путем исследования почвы.

Молибденовое голодание у рапса встречается очень редко. Зачастую причиной является плохая реакция почвы. Оптимальная реакция почвы улучшает доступность молибдена. Молибденовые удобрения дорогие и внесение их в почву чаще всего нерентабельно.