Гриб выделяют в чистую культуру с пораженных листьев и стеблей, отобранных с 50 растений каждого сорта картофеля или томата (по 1-2 изолята с каждого инфекционного пятна). Для получения чистых культур проводят первоначальную изоляцию гриба на ломтики картофеля. Для этого здоровые поверхностно обеззараженные клубни восприимчивого сорта картофеля разрезают на ломтики толщиной 0,5 см. На каждом ломтике сбоку параллельно срезу стерильным скальпелем делают неглубокий надрез (1-1,5 см). В этот надрез закладывают кусочек листа или стебля, вырезанный на границе пораженной и здоровой ткани. Ломтики помещают во влажные камеры (стерильные чашки Петри) и инкубируют в темноте при 15-20 °С. Через 3-5 суток на поверхности ломтиков появляется спорулирующий мицелий фитофторы, который стерильной микробиологической иглой переносят на овсяную или ржаную среду (состав сред и приготовление в приложении 1) с пенициллином и нистатином (50-250 и 50 мкг на 1 мл среды, соответственно). Дня выделения гриба на питательную среду используют ломтики, на которых развивается только мицелий фитофторы без заметного бактериального или грибного загрязнения. В случае сильного загрязнения мицелий фитофторы повторно переносят в боковые надрезы на свежих ломтиках.