Гриб P. infestans можно выделить в чистую культуру с любого органа картофеля, пораженного фитофторозом (лист, стебель, клубень). В зависимости от пораженного органа, существуют различные способы выделения гриба в чистую культуру.

Листья, пораженные фитофторозом, предварительно дезинфицируют в слабом растворе KMnO₄ (0,45 г на 1 л воды), тщательно промывают в стерильной воде и раскладывают на ломтики клубней восприимчивых сортов картофеля, не обладающих генами устойчивости (Приекульский ранний, Остботе, Лорх и другие). Для этого клубни тщательно промывают водой, протирают спиртом, обжигают над пламенем спиртовки и разрезают стерильным скальпелем на ломтики толщиной 0,8 см. Ломтики раскладывают в чашки. Петри на слой влажной фильтровальной бумаги. При использовании молодого картофеля фильтровальная бумага в чашках Петри не увлажняется во избежание накопления излишней влаги, способствующей быстрому развитию бактерий и загниванию ломтика клубня.

Для более быстрого выделения гриба в чистую культуру пораженные листья картофеля закладывают в боковой надрез ломтика, который разрезают стерильным скальпелем вдоль, до его середины, так, чтобы в него можно было вложить пораженный лист или часть листа.

При этом способе на поверхности ломтика, как правило, развивается грибница фитофторы без примесей других грибов-сапрофитов. Пораженный лист можно также положить непосредственно на поверхность, ломтика таким образом, чтобы он закрывал не более 1/3 его поверхности.

На 3-4-й день на поверхности ломтика появляется белая низкая грибница, которую необходимо сразу пересевать. С помощью перевивочной иглы, не касаясь поверхности клубня, зацепляют минимальное количество мицелия и переносят его в пробирки на косяки стандартных агаризованных ржаной или овсяной сред (приложение № 1). Мицелий гриба пересевают не менее чем в 10 пробирках.

При появлении на ломтиках посторонней микрофлоры, затрудняющей выделение гриба в чистую культуру, проводят неоднократные посевы грибницы с ломтика на новые ломтики. Для этого на поверхности свежего ломтика стерильным скальпелем делают небольшой надрез, в который переносят мицелий гриба с помощью стерильной препаровальной иглы. Выросший на ломтике мицелий переносят в пробирки на косой агар и выращивают при стандартной температуре 20-21°С. При появлении в пробирках посторонних микроорганизмов гриб немедленно пересевают на свежую агаризованную среду. Для получения абсолютно чистой культуры, как правило, делают не менее 2-3 пересевов. Аналогичным путем выделяют гриб с пораженных стеблей.