Черная ножка проявляется в форме увядания и загнивания стеблей, а также в поражении клубней. При активном развитии болезни на всходах отмечается пожелтение нижних листьев, дольки которых свертываются лодочкой и приобретают жесткую структуру. Верхние листья растут под острым углом и также желтеют. Позднее увядает и засыхает весь куст.

Основание стебля и корневая система размягчаются и в зависимости от сортовых особенностей растений и погодных условий принимают различную окраску (бурую, темную, желтую, темно-зеленую). Пораженные стебли под действием собственной массы падают, и растение погибает. Такие растения при их выдергивании из почвы легко отрываются в месте корневой шейки. При медленном развитии болезни растение отстает в росте, листья становятся более мелкими, но загнивания стебля может не быть.

Возбудитель черной ножки способен проникать по сосудам в самые отдаленные части растения, опережая появление внешних симптомов болезни.

В годы с небольшим количеством осадков и высокими летними температурами инфекция находится в скрытом (латентном) состоянии, и внешние признаки поражения растений отсутствуют. Клубневая форма поражения картофеля черной ножкой проявляется в поле обычно во второй половине вегетационного периода. Она известна под названием мокрой (мягкой) гнили и вызывается всеми видами рода Pectobacterium. В молодые клубни фитопатогенные бактерии проникают через столоны на самых ранних этапах клубнеобразования. В месте прикрепления клубня к столону при проникновении инфекции отмечается размягчение бесцветного или светло-желтого цвета. Позже здесь образуется выгнившая полость, или дупло. При наличии благоприятных условий зона загнивания увеличивается и приобретает специфический винный запах. Неприятный запах возникает позже, когда в гнилостный процесс включается большое количество сапротрофных и полусапротрофных микроорганизмов. Признаки проявления болезни варьируют в зависимости от видовой принадлежности возбудителя и сортовых особенностей картофеля.

Симптомы проявления черной ножки на стеблях иногда сходны с признаками грибного заболевания – ризоктониоза. Последний вызывает появление в нижней части стебля локальных поверхностных пятен и язв бурого цвета. Иногда отдельные язвы сливаются, образуя сплошное побурение стебля. Однако фитопатогенные бактерии вызывают глубокую мацерацию тканей, которая обычно отсутствует при грибном заболевании. При ризоктониозе также не наблюдается поражение клубней в виде мокрой гнили, за исключением случаев совместного развития на растении двух заболеваний.

При раннем развитии на растениях черной ножки клубни не образуются, а при более позднем они хотя и формируются, но многие из них поражаются внутри черной гнилью, всегда начинающейся в столонной части клубня.