Для осуществления таможенного оформления сельскохозяйственных грузов в органы контроля передаются разрешительная документация, таможенная декларация и описываемый ею груз, производится выплата таможенных платежей. Данную процедуру разрешается проходить не только саму владельцу сельскохозяйственного груза, но и его таможенному представителю — нанятой специально организацией.

Для декларации груза надо предоставить регламентируемый ряд документов - от счет-фактуры и внешнеторгового договора и до всевозможных товарно-транспортных документов. Важной особенностью таможенного оформления и декларирования сельскохозяйственных грузов является заверенные нотариально копии о прохождении фито-санитарного либо ветеринарного надзора. Российской Федерацией признаны подлежащими ветеринарному контролю животноводческая продукция. Проводится обязательная по законодательству ветеринарно-санитарная экспертная оценка. Для ветеринарного контроля нужно предоставить специальные сертификаты качества, происхождения груза, ветеринарный от компании-производителя.

При возникновении подозрений в недостоверности данных сопроводительной документации, производится проверка образца с оформлением акта. Пройденный контроль подтверждает выдаваемый государственным инспектором от ветеринарной службы после проверки груза ветеринарный сертификат. А на сопроводительных бумагах ставится пометка со специальным штампом.

Фито-санитарный сертификат, оформляемый государственной инспекцией по карантину растений несет следующие данные: способ перевозки, сведения об отправителе, место доставки, наименование экспортера, маркировка, описание упаковки, количество, наименование продукции, пункт ввоза, латинское наименование растений. Документу присваивают номер для идентификации.