Для выделения патогена в чистую культуру используется методика К.В.Попковой, В.А.Шмыгли (1987). Клубни с характерными симптомами раневой водянистой гнили тщательно промывают под проточной водой. На границе здоровой и больной ткани вырезают ломтики, которые стерилизуют 70% этиловым спиртом в течение 30 секунд и вновь промывают стерильной водой. Затем ломтики просушивают между дисками стерильной фильтровальной бумаги и помещают в чашки Петри (по 1 в чашку) на картофельно-глюкозный агар с антибиотиком (например, ампициллин). Уже на 2 сутки развивается колония гриба, которая может занимать всю поверхность питательной среды.