Полиспороз проявляется в течение всего периода вегетации, но наиболее отчетливо – в период фаз «ёлочки» - цветения – созревания льна. Вначале на корневой шейке и подсемядольном колене образуются бурые вдавленные пятна, которые ведут к перетяжкам и изломам. В результате ломкости стеблей возникает беспорядочное полегание их. Поражённые листья буреют, свисают, прилипая к стеблю, и засыхают. Начиная от фазы цветения и до созревания на стеблях образуются эллипсоидальные вдавленные пятна с фиолетовым ободком, от чего снижается качество льносоломы, тресты, волокна. Источником инфекции являются семена, послеуборочные остатки, сорняки, почва.

Для борьбы с болезнями следует проводить протравливание семян, а по вегетирующим растениям применять фундазол, 50 % с.п. или феразим 500 к.с. (1,0 л/га) или дерозал, 50% к.с. (1,0 л/га) (д.в. карбендазим) совместно с борной кислотой (0,5 кг/га). Можно применять баковые смеси  фунгицидов с гербицидами и микроэлементами, например, фундазол (1,0 л/га), 2М-4Х (1,0 кг/га), борная кислота (0,3-0,5) и цинк сернокислый (0,4 кг/га). Могут быть другие сочетания баковых смесей с учетом их совместимости. Вместо гербицида 2М-4Х в зависимости от степени засоренности рекомендуется кросс, 16,4 в.г.р. (100-150 мл/га) (д.в. хлорсульфурон); ленок, 790 г/л в.р.г. (8-10 г/га).

Следует отметить, что у льна могут проявляться неинфекционные (физиологические) болезни: угнетение при недостатке NPK, «кальциевый хлороз» (бактериоз), некроз листьев, карликовость растений, отмирание точки роста, розеточность верхушки и др.

У культуры имеются критические периоды, когда лен особенно чувствителен к недостатку отдельных элементов питания. Недостаток азота оказывает отрицательное влияние на развитие  льна от фазы елочка до бутонизации, фосфора – от всходов до ёлочки, калия – первые три недели роста и в период бутонизации. Лен-долгунец чувствителен к избыточному известкованию и кислой почве, отрицательно реагирует на недостаточное содержание в почве подвижных форм бора и цинка. Несбалансированность минерального питания может снизить устойчивость льна ко многим болезням, что повлечет за собой дополнительные затраты.