У льна имеются специализированные вредители: льняная блоха (от появления всходов до полных всходов – наибольшая вредоносность), льняной трипс (в период быстрого роста до бутонизации), а также мучной клещ (в семенах в период их хранения на складе). Чаще приходится сталкиваться с льняной блохой, жуки которой повреждают семядоли и точку роста. За 1-2 дня до появления всходов для борьбы с льняной блохой проводится краевое опрыскивание на ширину 30-50 м одним из инсектицидов: децис экстра 125 г/л к.э. (0,06 л/га); бульдок 25 г/л – 0,15-0,20 л/га; каратэ 50 г/л к.э. 0,1-0,15 л/га; каратэ-зеон 50 г/л МКС 0,1-0,15 кг/га; суми-альфа 5% к.э. 0,15 л/га; фастак 10% к.э. 0,1 л/га. В фазе всходов при численности льняных блох 20 экз./м² и выше в прохладную и 10 экз./м² в жаркую погоду, когда вредоносность их усиливается, проводится сплошное опрыскивание этими инсектицидами. Во влажную холодную погоду во время всходов и при низкой численности блохи обработка против неё экономически нецелесообразна. Нужно помнить, что вред от поражения растений блохой (даже если не повреждена точка роста) проявится позже во время обработки растений гербицидами, которые через поврежденные листья проникают в растения и вызывают искривления стеблей льна.

Для борьбы с льняным трипсом в период быстрого роста и бутонизации применяют инсектициды: БИ-58 новый 0,5-1,0 л/га; данадим 400 г/л к.э. 0,5-0,9 л/га; рогор С 400 г/л к.э. 0,5-0,9 л/га; фуфанон 570 г/л к.э. 0,4-0,8 л/га.

Периодически и очагами незначительный вред посевам льна наносят льняная плодожорка, долгоножка вредная, совка-гамма, луговой мотылек, матовый мертвоед.

Для борьбы с мучным клещом следует проводить дезинфекцию семенных хранилищ.