Гриб P.infestans может быть выделен в чистую культуру с любого пораженного органа (лист, стебель, клубень, плод) [16, 26, 21, 20, 6]. Однако наиболее эффективным способом оказалось выделение возбудителя фитофтороза из пораженной ботвы и клубней через ломтики свеженарезанных здоровых клубней восприимчивого к болезни сорта картофеля. Для этого небольшие кусочки листа (5х10 мм), вырезанные на границе больной и здоровой ткани, или срезы стебля (2...3х10...15 мм), захватывающие больную и здоровую ткань, помещают в боковые надрезы на свежих клубневых ломтиках. Последние инкубируют в стерильных чашках Петри со слегка увлажненными фильтрами при температуре 18...20°С в темноте.

При соблюдении необходимых условий проведения опыта чистый спорулирующий мицелий P.infestans появляется на поверхности ломтиков на третьи-четвертые сутки после закладки листовой ткани. В этом случае эффективность изоляции практически равна 100 %. При выделении гриба из ткани стебля появление мицелия обычно отмечают на пятые-шестые сутки, эффективность метода – 90-95 %. Следует отметить, что при сборе пораженной ботвы в жаркую и сухую погоду не всегда удается правильно определить болезнь и выделить возбудителя в чистую культуру. В этом случае пораженные растения вместе с корневой системой предварительно оставляют во влажной камере на 3...5 суток при 15...20°С для активизации развития мицелия и только после этого приступают к изоляции гриба.

Анализ популяции P.infestans, которой поражены семенные клубни, представляет наибольший интерес, поскольку его результаты позволяют прогнозировать состав популяции, способной инициировать инфекцию в следующем сезоне и предусмотреть стратегию защиты от болезни. При выделении гриба из пораженных клубней на границе больной и здоровой ткани удаляют поверхностный слой, после чего в этом месте делают срезы толщиной 1...3 мм, которые помещают в боковые надрезы здоровых клубневых ломтиков. Однако во время весенней переборки картофеля в хранилищах крайне сложно обнаружить слабопораженные клубни, наиболее подходящие для выделения P.infestans. Кроме того, обычно наблюдается смешанная инфекция фитофтороза с фузариозом или бактериозом. В таких случаях выделить гриб из клубней другими способами практически невозможно. Использование здоровых клубневых ломтиков с боковыми надрезами позволяет изолировать P.infestans в течение 5...6 дней даже из клубней, которые имеют 95...99 % пораженной поверхности.

Метод клубневых ломтиков с боковыми надрезами также подходит и для выделения патогена из листьев и стеблей томатов. При этом целые пораженные плоды помещают во влажные камеры и инкубируют в течение нескольких суток при 18...20°С до появления на поверхности плода спорулирующего мицелия, который затем переносят в боковые надрезы клубневых ломтиков. Сразу после развития мицелия на клубневых ломтиках препаровальной или перевивочной иглой его отсевают в стерильных условиях, не касаясь поверхности ломтика, на ржаную, ржано-овощную или овсяную агаровую среду. При этом чистую культуру гриба получают без добавления в питательную среду антибиотиков или фунгицидов. Наиболее быстро колонии гриба развиваются на ржаной среде.